e-Taxで送信した後の税金はどう払う？納付方法・期限・手数料を整理【2027年】

e-Tax送信後の納付方法は？税金の払い方・期限・手数料【2027年】

e-Taxで確定申告書を送信すると、「これで全部終わった」と思いがちです。

しかし、申告の結果として納める税金がある場合、申告書を送信しただけでは、通常は納税まで完了していません。

振替納税を利用している場合などを除き、送信後に自分で納付方法を選び、期限までに支払う必要があります。

国税の納付方法には、振替納税、ダイレクト納付、インターネットバンキング等、クレジットカード、スマホアプリ、コンビニ、金融機関・税務署窓口などがあり、事前登録の有無、金額の条件、手数料も異なります。

この記事では、2027年に行う令和8年分の確定申告を前提に、e-Tax送信後に何をすればよいのか、納期限、各納付方法の違い、納付できたか確認する方法、期限までに一括で払えない場合まで整理します。

※この記事は2026年10月3日時点の国税庁・e-Tax公式情報を基準にしています。令和8年分の正式な振替日や、2027年の確定申告書等作成コーナーの一部機能など、現時点で未確定の情報は本文中で区別しています。

最初に結論｜e-Taxで送信しても税金の支払いまで終わったとは限らない

確定申告書等作成コーナーで申告データを送信できた場合、それはまず申告書を税務署へ提出したという段階です。

申告結果が「納付する金額あり」なら、原則として納付まで済ませる必要があります。

特に注意したいのは、「e-Taxで送信完了」と「税金の納付完了」は別という点です。

確定申告全体の流れから確認したい場合は、e-Taxで確定申告する方法【2027年・令和8年分】初めてでも迷わない準備・作成・送信・納税までで整理しています。

2027年の所得税はいつまでに払う？

令和8年分の申告所得税及び復興特別所得税の法定納期限は、2027年3月15日（月）です。

申告期限と納期限が同じ日なので、「3月15日までに申告書だけ送れば、税金は後日でよい」と考えないよう注意してください。

最新の日程は、国税庁「主な国税の納期限（法定納期限）及び振替日」で確認できます。

振替納税の振替日は3月15日ではない

振替納税を利用している場合、所得税が2027年3月15日に引き落とされるわけではありません。

国税庁は、令和8年分の申告所得税及び復興特別所得税、個人事業者の消費税及び地方消費税の振替日について、現時点では2027年4月中旬～下旬と案内しています。

2026年10月3日時点では、具体的な振替日はまだ確定していません。

国税庁も「確定次第掲載」としているため、過去年の振替日から2027年の日付を推測しないようにしてください。

納付方法を一覧で比較

令和8年分の所得税を納める際に利用できる主な方法を比較すると、次のようになります。

一律に「この方法が一番よい」と決まるものではありません。

事前登録なしですぐ払いたいのか、手数料を避けたいのか、自動引落しにしたいのか、正式な領収証書が必要なのかによって選び方が変わります。

国税庁の全体案内は、「納税に関する総合案内」で確認できます。

振替納税｜指定日に口座から自動引落し

振替納税は、事前に登録した納税者本人名義の預貯金口座から、国税庁が指定する振替日に自動で引き落とす方法です。

対象となるのは、申告所得税及び復興特別所得税と、個人事業者の消費税及び地方消費税です。

確定申告分については、期限内に申告したものが対象です。期限後申告分や修正申告分には利用できません。

事前登録が済んでいれば、確定申告後に毎回支払操作をする必要はなく、指定された振替日に自動で引き落とされます。

新たに使う場合は納期限までに申込みが必要

令和8年分の所得税から新たに振替納税を利用する場合、現行制度では2027年3月15日までに預貯金口座振替依頼書を提出する必要があります。

個人の場合、オンライン提出に対応している金融機関であれば、e-Taxから振替依頼書を提出することもできます。

ただし、すべての金融機関・店舗がオンライン提出や振替納税そのものに対応しているわけではありません。

インターネット専用銀行や一部店舗などでは利用できない場合もあるため、オンライン提出を利用するときはe-Taxの対応金融機関案内を確認してください。

所得税で登録していても消費税は別に確認する

振替納税は税目ごとに手続が必要です。

申告所得税及び復興特別所得税で振替納税を利用していても、個人事業者の消費税及び地方消費税について手続をしていなければ、消費税は自動振替されません。

新たに消費税の課税事業者となった場合などは、特に確認しておきたいところです。

残高不足だと振替日から延滞税が始まるわけではない

振替日に口座残高が不足していて引落しできなかった場合には注意が必要です。

延滞税がかかる場合の起算日は、振替日の翌日ではなく、原則として法定納期限の翌日です。

令和8年分の所得税なら法定納期限は2027年3月15日なので、振替日前には十分な残高があるか確認してください。

詳しくは国税庁「振替納税のお勧め」で確認できます。

ダイレクト納付｜e-Taxから口座引落しを指示する

ダイレクト納付も預貯金口座から納める方法ですが、振替納税とは仕組みが違います。

事前に登録した口座を使い、e-Taxから即時または指定した期日に口座引落しを行う方法です。

申告直前に申し込んでもすぐ使えるとは限らない

ダイレクト納付は、利用届出書を提出したその場ですぐ使えるわけではありません。

現行案内では、利用可能になるまでの期間は、オンライン提出の場合は約1週間、書面提出の場合は約1か月です。

登録が完了すると、e-Taxのメッセージボックスへ「ダイレクト納付の預貯金口座登録完了通知」が格納されます。

申告期限直前に初めて申し込む場合は、登録が間に合わない可能性も考えて別の納付方法を確認しておくと安心です。

詳しくは国税庁「ダイレクト納付の手続」で確認できます。

重要｜確定申告書等作成コーナーでは現時点で「自動ダイレクト」を使えない

e-Taxには「自動ダイレクト」という機能もあります。

対象となる申告手続では、申告データ送信時に自動ダイレクトを選択することで、法定納期限に登録口座から自動引落しする仕組みです。

ただし、2026年10月3日時点では、確定申告書等作成コーナーから申告した場合、自動ダイレクトは利用できません。

e-Tax公式では、作成コーナーから申告した場合、申告データ送信後にメッセージボックスへ格納される受信通知（納付区分番号通知）から通常のダイレクト納付を行うよう案内しています。

「ダイレクト納付の口座登録が済んでいるから、申告書を送れば自動的に支払われる」と思い込まないよう注意してください。

この部分は2027年版の確定申告書等作成コーナーで変更される可能性があるため、実際の申告時にはe-Taxの最新FAQを確認してください。

インターネットバンキング・ATM｜Pay-easy対応金融機関から納付

インターネットバンキングや対応ATMを使った電子納税も利用できます。

e-Taxから申告した場合は、受信通知（納付区分番号通知）から「インターネットバンキング」を選び、利用する金融機関へ進む方法があります。

金融機関へ直接ログインし、収納機関番号など必要な情報を入力して納付することもできます。

国税を納付するための手数料は不要ですが、金融機関によってはインターネットバンキングやATM自体のサービス利用料がかかる場合があります。

また、利用する金融機関とのインターネットバンキング契約などが事前に必要になる場合があります。

詳しくはe-Tax「インターネットバンキング等による電子納税」で確認してください。

クレジットカード納付｜事前届出は不要だが決済手数料がかかる

クレジットカード納付は、「国税クレジットカードお支払サイト」を利用して国税を納付する方法です。

税務署へカード情報を事前登録する必要はありませんが、納付税額に応じた決済手数料がかかります。

2026年10月3日時点の手数料は次のとおりです。

決済手数料は国税そのものではなく、指定された納付受託者へ支払うものです。

1回の手続で利用できる金額は、1,000万円未満、かつ利用するカードの決済可能額以下です。決済可能額には決済手数料も含まれます。

カード代金の引落日が3月15日より後でも大丈夫？

国税の納付日を考えるときに重要なのは、カード会社が後日、銀行口座からカード代金を引き落とす日ではありません。

法定納期限までに国税クレジットカードお支払サイトで納付手続を完了していることが重要です。

令和8年分の所得税なら、2027年3月15日までにカード納付手続を完了していれば、カード会社の口座引落日がその後になったことだけを理由に延滞税が発生するわけではありません。

最新の決済手数料や条件は、国税庁「クレジットカード納付の手続」で確認してください。

スマホアプリ納付｜30万円以下なら決済手数料なし

スマホアプリ納付は、対応するスマホ決済アプリの残高を利用して国税を支払う方法です。

納付税額が30万円以下の場合に利用でき、国税の決済手数料はかかりません。

ただし、各決済サービス側に別の利用上限が設定されている場合があるため、30万円以下なら必ず支払えるとは限りません。

クレジットカードを直接登録して決済する方法ではなく、対応する決済アプリのアカウント残高から支払う方式です。必要に応じて事前に残高を用意しておきます。

30万円を超えたら複数回に分ければいい？

国税庁は、30万円を超える税額について、スマホアプリ納付を利用する目的で複数回に分けて納付することは控えるよう案内しています。

30万円を超える場合は、ダイレクト納付、振替納税、インターネットバンキング等、別の納付方法を検討します。

コンビニのレジでPayアプリを使う方法ではない

スマホアプリ納付は、コンビニのレジでPayアプリを提示して国税を払う仕組みではありません。

2025年2月1日以降は、e-Taxを利用して申告等データを送信した後などに、受信通知（納付区分番号通知）から「国税スマートフォン決済専用サイト」へ進んで手続する方式になっています。

対応する決済アプリは変更される可能性があるため、2027年に利用するときは国税庁「スマホアプリ納付の手続」で最新情報を確認してください。

コンビニQR納付｜30万円以下、レジでの支払いは現金のみ

国税は、納付用QRコードを利用してコンビニで納付することもできます。

利用できるのは納付税額30万円以下の場合です。

納付用QRコードを作成し、対応するコンビニのキオスク端末で読み取ってバーコードを出力したうえで、レジで支払います。

レジでの支払いは現金のみです。

コンビニQR納付では、クレジットカードや電子マネーを利用できません。

Payアプリで国税を納付したい場合は、コンビニQR納付ではなく、前述したスマホアプリ納付という別の仕組みを利用します。

コンビニQR納付では国税の領収証書は発行されませんが、店舗から払込金受領証が発行されます。

対応店舗や最新条件は、国税庁「コンビニ納付（QRコード）」で確認してください。

国税の領収証書が必要なら金融機関・税務署窓口

キャッシュレス納付では、国税の領収証書は原則として発行されません。

たとえば、

• 振替納税
• ダイレクト納付
• インターネットバンキング等による電子納税
• クレジットカード納付
• スマホアプリ納付

では、領収証書は発行されません。

国税の領収証書が必要な場合は、現金に納付書を添えて金融機関または所轄税務署の窓口で納付します。

なお、「支払った税金について公的な証明が必要」という場合には、領収証書ではなく納税証明書を求められていることもあります。納税証明書は別の書類で、必要な場合はe-Taxや税務署で別途交付請求できます。

国税庁の公式動画でもキャッシュレス納付を確認できる

国税庁動画チャンネルでは、ダイレクト納付、インターネットバンキング、振替納税、クレジットカード、スマホアプリ納付などのキャッシュレス納付を公式動画でまとめています。

各方法の仕組みをまとめて確認したい場合に役立ちます。実際に2027年に利用するときは動画だけでなく国税庁の最新ページも確認してください。

e-Tax送信後はどこから納付する？

確定申告書等作成コーナーから納付税額のある申告書をe-Taxで送信した場合、まず申告データが正常に受信されているか確認します。

送信確認については、e-Taxで送信できたか確認する方法｜受付結果・受信通知・控えはどこ？【2027年】で詳しく整理しています。

その後、e-Taxのメッセージボックスに格納される受信通知（納付区分番号通知）から、利用する納付方法へ進めるものがあります。

ダイレクト納付、インターネットバンキング、クレジットカード、スマホアプリ納付などが代表例です。

基本的には、

申告書を送信 → 受信を確認 → 納付方法を選ぶ → 納付完了を確認

という順番で考えると分かりやすくなります。

納付できたかは必ず確認する

納付操作をした後は、「手続ボタンを押したから大丈夫」とせず、完了しているかまで確認します。

ダイレクト納付

正常に納付が完了すると、e-Taxのメッセージボックスへ「ダイレクト納付完了通知」が格納されます。

残高不足などで引落しできなかった場合には、エラー通知が格納されることがあります。

クレジットカード納付

e-Taxから国税クレジットカードお支払サイトへ進んだ場合、納付手続後にe-Tax側でも完了通知を確認できます。

専用サイトの完了画面も保存しておくと、後から内容を確認しやすくなります。

スマホアプリ納付

e-Tax経由でスマホアプリ納付を行った場合は、手続完了後の画面やe-Taxの通知を確認します。

完了画面を後から再表示できない場合があるため、必要に応じて納付内容を保存しておくと安心です。

コンビニQR納付

コンビニでは、支払い後に受け取る払込金受領証を確認し、保管しておきます。

申告書を送信できたかの確認と、税金を納付できたかの確認は分けて考えることが大切です。

「納付書が届いてから払えばいい」は危険

申告所得税は、自分で所得と税額を申告し、その税額を納める申告納税方式です。

確定申告書を提出した後に、税務署から納税通知が届いてから初めて支払う仕組みではありません。

さらに国税庁では、e-Taxで申告している人やキャッシュレス納付を利用している人など、納付書を使わない人への納付書の事前送付を取りやめています。

一方で、現在もe-Taxを利用せず税務署から送付された納付書で納めている人など、納付書を必要とする人には送付される場合があります。

つまり、

「e-Taxなら絶対に納付書が来ない」わけではありませんが、「納付書が届くまで待っていればよい」という仕組みでもありません。

申告後は自分の納付方法と期限を確認してください。

期限までに一括で払えない場合は「延納」という制度がある

申告所得税及び復興特別所得税には、一定の条件を満たすことで、納付する税額の一部を後日に延ばせる延納制度があります。

利用する場合は、期限内申告を前提に、納付すべき税額の2分の1以上を通常の納期限までに納付し、残りについて延納の届出を行う必要があります。

延納できる金額は、確定申告で納付する税額の2分の1以下です。

現在の確定申告書等作成コーナーでは、「納付方法等の入力」画面で「延納を届け出る」を選択し、「延納届出額」を入力する仕組みになっています。

令和8年分の申告所得税及び復興特別所得税では、通常の納期限が2027年3月15日（月）、延納分の納期限が2027年5月31日（月）です。

延納期間については利子税がかかる場合があります。

これは「好きな金額を好きな回数に分けて支払える」という一般的な分割払いではありません。

また、2027年版の確定申告書等作成コーナーでは画面や項目名が変更される可能性があるため、実際の申告時には令和8年分の画面を確認してください。

納期限を過ぎてしまったら？

法定納期限までに税金を納付できなかった場合は、原則として法定納期限の翌日から完納する日まで、延滞税がかかる場合があります。

2027年に適用される具体的な延滞税の割合は、実際に期限を過ぎた場合の期間や条件によって確認する必要があります。

一括納付が困難な事情がある場合には、放置せず、早めに所轄税務署や国税局の徴収担当へ納付相談をしてください。

申告時に利用する「延納」と、納期限を過ぎた後の納付相談や猶予制度は別のものです。

振替納税を利用している人が別の方法で払う場合は注意

振替納税を利用している場合、対象となる税金は振替日に登録口座から自動的に引き落とされます。

振替納税ではなく、ダイレクト納付、クレジットカード、スマホアプリなど別の方法で納付するときは、自分が振替納税の対象になっている税金かどうかも確認してください。

特に、申告所得税及び復興特別所得税の予定納税第1期・第2期と、確定申告の延納分は、振替日と納期限が同じです。

国税庁は、これらを振替納税以外の方法で納付する場合、振替による引落しが行われないよう、あらかじめ所轄税務署へ連絡した上で別の方法を利用するよう案内しています。

別の方法ですでに支払ったからといって、あらゆるケースで振替処理が自動的に止まると決めつけない方が安全です。

よくある疑問

e-Taxで「送信完了」と出たら税金も払えていますか？

通常は別です。

送信完了は申告データの送信が完了したことを示すもので、納付完了を意味するものではありません。

納付額がある場合は、自分が利用する納付方法まで確認してください。

2027年の所得税はいつまでに払えばいい？

令和8年分の申告所得税及び復興特別所得税の法定納期限は、2027年3月15日（月）です。

振替納税とダイレクト納付は同じですか？

違います。

振替納税は国税庁が指定する振替日に自動引落しされます。

ダイレクト納付は、e-Taxから即時または指定した日に登録口座から引き落とす仕組みです。

確定申告書等作成コーナーなら自動ダイレクトを使えますか？

2026年10月3日時点では利用できません。

作成コーナーから申告した場合は、送信後の受信通知（納付区分番号通知）から通常のダイレクト納付を行います。

クレジットカードは手数料無料ですか？

無料ではありません。

2026年10月3日時点では、1万円まで99円、以後1万円を超えるごとに99円ずつ決済手数料が加算されます。

PayPayなどで国税を払えますか？

対応するスマホ決済アプリを使ったスマホアプリ納付があります。

ただし、納付税額30万円以下などの条件があります。対応サービスは変更される可能性があるため、2027年に利用するときは国税庁の最新一覧を確認してください。

コンビニでPayPayやクレジットカードを使えますか？

コンビニQR納付のレジ支払いは現金のみです。

スマホアプリ納付とは別の制度です。

30万円を超える税金をスマホアプリで何回かに分けて払えますか？

スマホアプリ納付は、納付税額30万円以下の人向けの手続です。

国税庁は、スマホアプリ納付を利用する目的で30万円を超える税額を複数回に分けることは控えるよう案内しています。

税務署から納付書が届くまで待ってもいい？

納付書が届くことを前提に待つのは避けてください。

確定申告後は、自分で納付方法と納期限を確認します。

国税の領収証書が必要な場合は？

現金に納付書を添えて、金融機関または所轄税務署の窓口で納付します。

キャッシュレス納付では領収証書は発行されません。

一括で払えない場合は自由に分割できますか？

自由な分割払いではありません。

申告所得税及び復興特別所得税には延納制度がありますが、通常の納期限までに2分の1以上を納付し、延納の届出を行うなどの条件があります。

2027年の申告時に再確認したいこと

令和8年分の所得税の納期限である2027年3月15日、個人事業者の消費税の2027年3月31日、所得税の延納分の2027年5月31日はすでに公表されています。

一方、次の項目は実際に2027年に納付するときに最新情報を確認してください。

• 令和8年分所得税・個人消費税の正式な振替日
• 確定申告書等作成コーナーでの自動ダイレクト対応状況
• クレジットカード納付の決済手数料
• スマホアプリ納付の対応決済サービス
• コンビニQR納付の対応店舗
• e-Taxや金融機関等の利用可能時間・メンテナンス情報
• 令和8年分作成コーナーでの延納手続画面

特に振替日は、現時点では「2027年4月中旬～下旬」としか公表されていません。

まとめ｜送信後は「納付まで終わったか」を確認する

e-Taxで確定申告書を送信できても、納付額がある場合は、それだけで手続がすべて終わったわけではありません。

令和8年分の申告所得税及び復興特別所得税は、原則として2027年3月15日（月）までに納付します。

振替納税を利用している場合は、後日公表される正式な振替日に登録口座から自動引落しされるため、残高を確認します。

それ以外では、ダイレクト納付、インターネットバンキング、クレジットカード、スマホアプリ、コンビニQR、窓口納付などから条件に合う方法を選びます。

迷った場合は、まず次の4点を確認すると判断しやすくなります。

• 振替納税やダイレクト納付を事前登録しているか
• 納付額が30万円以下か
• クレジットカードの決済手数料を許容できるか
• 国税の領収証書が必要か

そして最後に、「申告書を送信できたか」と「税金を納付できたか」を別々に確認することが重要です。

納付書が届くのを待つのではなく、自分が利用する方法と期限を確認し、納付完了まで済ませてください。