マイナポータル連携とは？確定申告でしないとどうなる？何が自動入力される？【2027年】- 最初に結論｜マイナポータル連携をしなくても確定申告できる
- マイナポータル連携とは？何をしている機能？
- 何が自動入力される？令和8年分の主な対象
- 2027年の大きな変更｜給与情報を利用できる人が増える
- 2027年から会社員全員の給与情報が自動入力されるわけではない
- 令和8年分の給与情報はいつから取得できる？
- 初めて使う場合は事前準備が必要
- マイナポータル連携をしない場合はどうなる？
- 連携したのにデータが出てこない主な理由
- 医療費はマイナポータル連携で全部入る？
- 給与情報も自動入力された内容を確認する
- 家族の医療費や控除証明書も取得できる？
- ふるさと納税も自動入力できるが、2つ注意がある
- 「自動入力」でも最終確認は必要
- 「マイナポータルアプリ」は現在「マイナアプリ」
- マイナポータル連携が使えないときも、確定申告自体は進められる
- よくある疑問
- 2027年の申告時にもう一度確認したいこと
- まとめ｜マイナポータル連携は「必須」ではなく入力を減らす仕組み
マイナポータル連携とは？確定申告でしないとどうなる？何が自動入力される？【2027年】
確定申告書等作成コーナーを使っていると、「マイナポータルと連携しますか？」という案内が出てきます。
初めてだと、「連携しないと確定申告できない？」「源泉徴収票や医療費は全部自動で入る？」「2027年から自分の給与情報も取得できる？」と迷いやすいところです。
先に結論を整理すると、マイナポータル連携は確定申告の必須条件ではありません。
連携しなくても、源泉徴収票や控除証明書などを確認しながら必要な内容を入力して確定申告できます。
一方、マイナポータル連携を利用すると、対応している給与情報、医療費、ふるさと納税、保険料、iDeCo、住宅ローン控除関係などのデータを取得し、確定申告書の該当項目へ自動入力できます。
そして2027年に行う令和8年分の確定申告では、給与情報のマイナポータル連携を利用できる人が大幅に増えることが国税庁からすでに案内されています。
ただし、2027年から会社員全員の給与情報が自動入力されるわけではありません。
この記事では、マイナポータル連携とは何をする機能なのか、何が自動入力されるのか、連携しない場合はどうなるのか、2027年から給与情報の仕組みがどう変わるのかまで、2026年10月2日時点の公式情報を基準に整理します。
※この記事は2026年10月2日時点の国税庁・e-Tax・デジタル庁の公式情報を基準にしています。令和8年分の確定申告書等作成コーナー本番版では、画面構成や表示名称などが変更される可能性があります。
最初に結論｜マイナポータル連携をしなくても確定申告できる
マイナポータル連携は、確定申告をするために必ず使わなければならない機能ではありません。
| 方法 | どうなる？ |
|---|---|
| マイナポータル連携を利用する | 対応する給与情報や控除証明書等を取得し、申告書へ自動入力できる |
| マイナポータル連携を利用しない | 源泉徴収票や証明書などを確認し、自分で入力して申告できる |
つまり「連携するかどうか」は、確定申告そのものができるかどうかではなく、入力作業をどこまで自動化するかの違いと考えると分かりやすくなります。
マイナポータル連携を使わなかったことだけを理由に、確定申告が無効になったり、利用できる控除そのものがなくなったりするわけではありません。必要な内容を正しく申告することが重要です。
マイナポータル連携とは？何をしている機能？
マイナポータル連携とは、所得税の確定申告などで、マイナポータル経由で給与情報や控除証明書等のデータを取得し、申告書の該当項目へ自動入力する機能です。
基本的な流れは次のようになります。
証明書等の発行元・給与情報 → マイナポータル経由で取得 → 確定申告書等作成コーナー → 申告書へ自動入力
「マイナポータルの中で確定申告書を一から作成して提出する」という意味ではありません。
国税庁の確定申告書等作成コーナーで利用する場合は、マイナンバーカードを利用してe-Taxで所得税の確定申告書を提出する際に、この連携機能を利用します。
公式の概要は国税庁「マイナポータルと連携した所得税確定申告手続」で確認できます。
何が自動入力される？令和8年分の主な対象
令和8年分向けに国税庁が案内している対象は、給与や年金だけではありません。
| 分類 | 主な対象データ |
|---|---|
| 給与 | 給与情報 |
| 年金 | 公的年金等の源泉徴収票 |
| 株式 | 特定口座年間取引報告書 |
| 生命保険関係の収入 | 生命保険契約等の一時金・年金 |
| 損害保険関係の収入 | 満期返戻金等・年金 |
| 医療費控除 | 医療費通知情報 |
| 寄附金控除 | ふるさと納税などの寄附金情報 |
| 社会保険料控除 | 国民年金保険料など |
| 保険料控除 | 生命保険料・地震保険料 |
| 小規模企業共済等掛金控除 | iDeCo、小規模企業共済等 |
| 住宅ローン控除 | 年末残高等情報、住宅借入金等特別控除関係 |
ただし、この表に載っている種類なら誰でも必ず取得できるという意味ではありません。
保険会社や金融機関、寄附金関係などでは、証明書等の発行主体がマイナポータル連携へ対応している必要があります。
また、各証明書等を取得できる時期も発行主体によって異なります。
対応先は随時変わるため、実際に利用するときは国税庁の最新対象一覧を確認してください。
2027年の大きな変更｜給与情報を利用できる人が増える
令和8年分の確定申告で特に注目したいのが、給与情報です。
国税庁は、2027年1月以降、給与情報のマイナポータル連携を利用できる人が大幅に増えると案内しています。
ここでいう「給与情報」には、2027年から新たに対象が広がる給与支払報告書の情報と、従来から対象となっている給与所得の源泉徴収票の情報があります。
この2つを分けて理解することが、2027年版では重要です。
2027年1月から源泉徴収票の「みなし提出」が始まる
2027年1月1日以後、市区町村へ「給与支払報告書」を提出した場合、税務署へ「給与所得の源泉徴収票」を提出したものとみなす制度が始まります。
そのため、一定の場合には事業者が同じ給与情報を市区町村と税務署へ別々に提出する必要がなくなります。
ただし、従業員本人へ交付する源泉徴収票はなくなりません。国税庁は、受給者への源泉徴収票の作成・交付は引き続き必要と案内しています。
制度の詳細は国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例」で確認できます。
eLTAXで提出した給与支払報告書がマイナポータル連携の対象に
2027年の確定申告で利用者側に特に関係するのが、この変更です。
2027年1月1日以後に、令和8年分以後の給与支払報告書を勤務先がeLTAXで市区町村へ提出した場合、その給与支払報告書の情報がマイナポータル連携の対象になります。
従来どおり、勤務先が税務署へ「給与所得の源泉徴収票」をe-Taxや認定クラウド等でオンライン提出した場合も対象になります。
| 勤務先側の提出 | マイナポータル連携 |
|---|---|
| 給与支払報告書をeLTAXで市区町村へ提出 | 令和8年分以後は対象 |
| 給与所得の源泉徴収票をe-Tax・認定クラウド等で税務署へ提出 | 対象 |
| 給与支払報告書を書面・光ディスク等で提出 | eLTAX経由の給与情報自動入力の対象とはならない |
この対象拡大が、国税庁が「より多くの方に給与情報のマイナポータル連携をご利用いただけるようになる」と案内している大きな理由です。
2027年から会社員全員の給与情報が自動入力されるわけではない
対象は大きく広がりますが、「2027年から会社員なら全員、給与情報を自動入力できる」と考えるのは正確ではありません。
給与情報が自動入力の対象になるには、勤務先側が、
- 給与支払報告書をeLTAXで市区町村へ提出している
- または給与所得の源泉徴収票をe-Tax・認定クラウド等で税務署へオンライン提出している
など、一定の条件を満たす必要があります。
本人側にも事前準備が必要です。
給与情報を取得する場合は、マイナポータルとe-Taxを連携したうえで、e-Taxのマイページから「給与情報を取得する」旨を登録し、マイナンバー等を提供します。
国税庁の現行案内では、マイナンバー等に変更がなければ、この給与情報取得の登録は初回のみの手続きとされています。
したがって、
「2027年になれば何もしなくても、自分の給与情報が自動的に表示される」
という仕組みではありません。
令和8年分の給与情報はいつから取得できる？
勤務先が対象となる給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票をオンライン提出した後、順次マイナポータル連携を利用できるようになります。
一般的な提出期限は翌年1月31日ですが、令和8年分については2027年1月31日が日曜日のため、2027年2月1日（月）が提出期限です。
国税庁の令和8年分年末調整案内でも、給与支払報告書や対象となる給与所得の源泉徴収票について、2027年2月1日までの提出が案内されています。
また、2027年から新たに対象が広がるeLTAXで提出された令和8年分の給与支払報告書情報は、2027年2月以降にマイナポータル連携の対象になります。
給与情報全体についても、国税庁は、勤務先が期限までにオンライン提出していることを前提とすれば、例年2月頃から前年分を利用できるようになると説明しています。
そのため、1月上旬に確認して給与情報が表示されないからといって、すぐ不具合と判断することはできません。
初めて使う場合は事前準備が必要
確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を利用するには、マイナンバーカードと、マイナンバーカードを読み取れるスマートフォンまたはICカードリーダライタなど、利用環境の準備が必要です。
さらに、マイナポータル連携は、確定申告を始めた当日にボタンを一つ押せば、すべてのデータが即座に取得できるとは限りません。
何を取得するかによって、必要な事前準備が変わります。
| 主な準備 | どんなときに必要？ |
|---|---|
| マイナポータルの利用登録 | マイナポータル連携を利用する基本準備 |
| マイナポータルとe-Taxの連携 | 確定申告で取得したデータを利用する |
| 取得する証明書等の事前設定 | 保険料・寄附金など対象データを取得する |
| 民間送達サービス等との連携 | 対応する保険会社等の証明書を取得する場合 |
| ねんきんネット等との連携 | 対象となる年金関係情報を取得する場合 |
| e-Taxマイページで給与情報の取得希望を登録 | 給与情報を自動入力する場合 |
すべての人が上記の設定を全部行うわけではありません。
何のデータを取得したいのかによって必要になる準備が変わります。
また、保険会社等との連携設定は反映まで数日かかる場合があります。利用する予定なら、確定申告期限の直前ではなく早めに準備しておく方が安全です。
国税庁の公式動画でも事前準備を確認できる
国税庁動画チャンネルでは、マイナポータル連携の概要、必要なもの、事前準備、家族分を扱う際の代理人登録まで公式動画で説明しています。
なお、動画には開発中の画面が含まれており、実際の画面と異なる場合があると国税庁自身が案内しています。操作するときは現在表示されている画面を優先してください。
マイナポータル連携をしない場合はどうなる？
連携しない場合も、確定申告書は作成できます。
たとえば給与所得なら、勤務先から交付された源泉徴収票を見ながら必要な項目を入力できます。
生命保険料や地震保険料なども、証明書を確認しながら必要な内容を入力できます。
証明書等の発行元から電子データを直接取得できる場合には、そのデータを確定申告書等作成コーナーへ読み込めるものもあります。
つまり、マイナポータル連携を使わない場合の主な違いは、自動取得・自動入力を使わない分、自分で入力したり別途データを読み込んだりする作業が増えることです。
「マイナポータル連携が利用できない＝確定申告自体ができない」ではありません。
連携したのにデータが出てこない主な理由
マイナポータル連携を設定したのに、「給与情報がない」「保険料控除のデータが出てこない」ということもあります。
主な原因として考えられるのは次のようなものです。
- 証明書等の発行主体がマイナポータル連携に対応していない
- 必要な事前設定・連携設定が終わっていない
- 設定後のデータ反映に時間がかかっている
- 給与情報について、勤務先が対象となる方法でオンライン提出していない
- 勤務先から提出された給与情報に不足や不備がある
- まだその年分のデータを取得できる時期になっていない
- そもそもマイナポータル連携の対象外の情報である
「連携済み」と表示されたからといって、その瞬間に申告で使うすべてのデータがそろうとは限りません。
医療費はマイナポータル連携で全部入る？
すべての医療費が自動取得できるわけではありません。
令和4年分以後については、マイナポータル連携で1月から12月までの保険診療分の医療費通知情報を取得できます。
1年分の医療費通知情報を取得できるようになる時期は、国税庁の現行案内では例年、原則2月9日以降です。
そのため、1月中に確定申告の準備を始めても、その年分の医療費通知情報をまだ一括取得できない場合があります。
保険診療でも取得できない情報がある
国税庁は、保険診療分であっても、たとえば次のような情報は取得できないと案内しています。
- はり・きゅう等の施術費用
- 整骨院・接骨院の柔道整復療養費など
このほかにも、医療費控除の対象にはなっても医療費通知情報には含まれない支払いがあります。
そのため、「マイナポータルから取得した医療費通知情報＝申告すべき医療費のすべて」とは考えず、必要に応じて手元の領収書等も確認してください。
給与情報も自動入力された内容を確認する
給与情報を取得できた場合も、そのまま無確認で申告書を送信するのは避けます。
国税庁は、マイナポータル連携で自動入力された給与情報について、勤務先から交付された源泉徴収票の内容と確認したうえで利用するよう案内しています。
2027年からは給与支払報告書情報も新たに連携対象へ加わりますが、勤務先から本人へ交付される源泉徴収票は引き続きあります。
そのため、取得された給与情報と手元の源泉徴収票を見比べ、金額などに不一致がないか確認するのが安全です。
マイナポータル連携は、入力の手間や転記ミスを減らしやすくする機能です。
自動入力された内容が税務上必ず正しいことを保証する仕組みではありません。
家族の医療費や控除証明書も取得できる？
対象となる家族の情報については、マイナポータルで事前に代理人登録を行うことで、申告に利用できる証明書等を取得できる場合があります。
代表的なのが、家族の医療費通知情報などです。
ただし、
「家族なら何も設定しなくても自動的に情報が表示される」
わけではありません。
取得する情報によっては家族側にも事前準備が必要になるため、実際に家族分を利用するときはマイナポータルと国税庁の最新案内を確認してください。
ふるさと納税も自動入力できるが、2つ注意がある
ふるさと納税についても、対応している証明書をマイナポータル連携で取得し、寄附金控除へ自動入力できます。
ただし、特に注意したいのがワンストップ特例と証明書の重複です。
確定申告をするとワンストップ特例は無効になる
ふるさと納税のワンストップ特例を申請済みでも、その年分について確定申告を行う場合は、ワンストップ特例の申請は無効になります。
確定申告では、ワンストップ特例を申請した寄附も含め、その年に行ったふるさと納税をすべて寄附金控除の計算へ含める必要があります。
マイナポータル連携を利用しているかどうかで、この扱いが変わるわけではありません。
同じ寄附が複数の証明書に含まれる場合がある
ふるさと納税では、たとえば次の証明書があります。
- 特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」
- 地方団体が発行する「寄附金受領証明書」
双方の証明書を取得した場合、同じ寄附が重複して含まれることがあります。
自動取得されたからといって、そのまま重複確認を省略せず、同じ寄附を二重に申告していないか確認してください。
「自動入力」でも最終確認は必要
マイナポータル連携は便利ですが、「何も確認せず送信するための機能」ではありません。
自動入力後には、少なくとも次の点を確認します。
- 給与情報が勤務先から交付された源泉徴収票と合っているか
- 利用したい控除証明書等がすべて取得できているか
- 医療費通知情報に含まれていない費用がないか
- ふるさと納税の寄附情報が重複していないか
- 家族分について必要な情報が取得できているか
- 取得できなかった情報を手入力する必要がないか
マイナポータル連携のメリットは、入力作業と転記ミスを減らしやすくすることです。
「自動だから確認不要」という意味ではありません。
「マイナポータルアプリ」は現在「マイナアプリ」
2027年の確定申告では、アプリの名称にも注意が必要です。
2026年8月25日、従来の「マイナポータルアプリ」に「デジタル認証アプリ」の機能が統合され、「マイナアプリ」の提供が始まりました。
国税庁も令和8年分向けの案内で、マイナンバーカードを利用して申告する人に対し、マイナアプリへアップデートして利用登録したうえで確定申告書等作成コーナーを利用するよう案内しています。
旧マイナポータルアプリを使っている場合は、ストアからマイナアプリへアップデートします。
これまでどちらのアプリも利用していなかった場合は、マイナアプリを新たにダウンロードします。
最新情報はデジタル庁「マイナアプリ」で確認できます。
マイナポータル連携が使えないときも、確定申告自体は進められる
マイナポータル連携とe-Taxは同じ機能ではありません。
マイナポータル連携を利用できない場合でも、確定申告書等作成コーナーで連携を利用しない方法を選び、源泉徴収票や証明書を見ながら必要な内容を入力して申告書を作成できます。
「連携できないから申告できない」と考えず、まずは自分が取得予定だった情報を手入力などで補えるか確認してください。
ただし、手入力へ切り替える場合は、入力漏れや転記ミスがないよう注意が必要です。
よくある疑問
マイナポータル連携は絶対に必要ですか？
必要ではありません。
連携しなくても、源泉徴収票や控除証明書などを確認しながら入力して確定申告できます。
連携しないと控除を受けられませんか？
マイナポータル連携を使わないこと自体で、控除を受けられなくなるわけではありません。
それぞれの控除の適用要件を満たし、必要な情報を申告書へ正しく反映する必要があります。
2027年から源泉徴収票は全員自動入力になりますか？
全員ではありません。
また、2027年から新しく対象が広がるeLTAX経由では、勤務先が市区町村へ提出した給与支払報告書の情報が自動入力の対象になります。
従来どおり、税務署へe-Tax・認定クラウド等で提出された給与所得の源泉徴収票の情報が対象になるルートもあります。
本人側にも、マイナポータルとe-Taxの連携や給与情報取得の事前登録が必要です。
給与情報が表示されないのはなぜ？
勤務先がまだ提出していない、対象となる方法でオンライン提出していない、本人側の事前設定が終わっていない、まだ利用可能な時期になっていないなど、複数の原因が考えられます。
特に、eLTAXで提出された令和8年分の給与支払報告書情報がマイナポータル連携の対象になるのは2027年2月以降です。
医療費は全部自動入力されますか？
全部ではありません。
医療費通知情報に含まれない費用があります。保険診療分でも、はり・きゅう等の施術費用や、整骨院・接骨院の柔道整復療養費など取得できない情報があります。
家族の医療費も取得できますか？
マイナポータルで代理人登録など必要な準備を行うことで、申告に利用できる家族の医療費通知情報等を取得できる場合があります。
自動入力されたら、そのまま送信して大丈夫？
内容確認は必要です。
給与情報は勤務先から交付された源泉徴収票と照合し、医療費や寄附金なども取得漏れや重複がないか確認してください。
2027年の申告時にもう一度確認したいこと
令和8年分について、給与情報のマイナポータル連携の対象拡大や源泉徴収票のみなし提出制度はすでに公式発表されています。
一方、実際に2027年に申告するときは、次の情報を最新状態でもう一度確認してください。
- 令和8年分「確定申告書等作成コーナー」の本番画面
- マイナポータル連携に対応している証明書等の発行主体
- 勤務先の給与情報が取得可能になっているか
- 医療費通知情報の実際の取得開始状況
- マイナアプリの最新仕様
- マイナポータル連携のメンテナンス・障害情報
特に保険会社や寄附関係などの対応先は随時変わるため、古い一覧ではなく国税庁の最新情報を確認するのが安全です。
まとめ｜マイナポータル連携は「必須」ではなく入力を減らす仕組み
マイナポータル連携は、給与情報や医療費、ふるさと納税、保険料、iDeCo、住宅ローン控除関係などのデータを取得し、確定申告書へ自動入力できる仕組みです。
連携しなくても確定申告はできます。
その場合は、源泉徴収票や各種証明書などを見ながら必要な内容を自分で入力します。
2027年に行う令和8年分では、給与情報の対象が大幅に広がります。
2027年1月1日以後は、令和8年分以後の給与支払報告書を勤務先がeLTAXで提出した場合、その給与支払報告書情報もマイナポータル連携の対象となり、2027年2月以降に自動入力へ利用できるようになります。
一方、従来からのe-Tax・認定クラウド等で税務署へ提出された給与所得の源泉徴収票情報も対象です。
ただし、会社員全員の給与情報が自動的に表示されるわけではありません。
勤務先側の提出方法と、本人側の事前設定の両方が関係します。
また、連携できたからといって必要な情報がすべてそろうとは限りません。
「自動入力された内容を確認し、足りない情報は自分で補う」
という使い方をすれば、マイナポータル連携の便利さを活かしながら、申告漏れや重複も防ぎやすくなります。